眼科于1942年4月12日設立（附屬五官科），1979年獨立建科.經過幾代眼科醫護人員的努力，形成了理論基礎扎實、工作態度嚴謹、臨床科研教學并進的建科傳統，成為專業齊全，臨床技術突出，設備先進，集醫療、教學、科研為一體的專病科室。

病房設置60張床，科內擁有一支理論基礎扎實，臨床經驗豐富，教學能力強的人才梯隊，學科年齡結構合理。分為白內障，青光眼，眼底病，斜弱視，眼眶病，眼表疾病，葡萄膜炎，神經眼科等多個亞專業，另設有眼科專用動物實驗室及自治區人民醫院眼庫。醫護技人員共45人，其中主任醫師4人，副主任醫師2人，中級職稱6人，初級職稱3人。碩士研究生學歷7人，在讀博士2人。年門、急診量5萬余人，年均住院病人2500人次，年手術量約3000人次。

眼科設備齊全，現有進口ZESS,LICA等先進手術顯微鏡4臺，以及配套齊全的顯微手術器械：美國最先進的Constallation玻璃體切割儀；美國ALCON公司的Infiniti白內障超聲乳化機、氬激光、YAG激光治療機；半導體激光儀；TOPCON眼底熒光造影、吲哚青綠造影儀；眼電生理檢查儀；HUMPHREY-11型自動視野； TOPCON3DOCT-1000;TOPCON非接觸眼壓計；同視機；TOPCON電腦驗光儀等全套先進診療儀器。

我科臨床開展診治項目包括各種眼科常見病及眼科疑難病。在準分子激光近視眼手術、白內障超聲乳化、眼底病、眼外傷、青光眼、角膜移植、激光診療等領域尤有特長。特別是眼后段玻璃體視網膜手術，復雜青光眼引流釘，引流閥手術，由波前像差儀引導的準分子激光手術；復雜白內障（先天性白內障，外傷性白內障，小瞳孔下行白內障摘除術等）的手術治療，術后療效顯著。另外眼部腫瘤及各種眼外傷的治療、眼病激光治療，眼前段疾病的激光治療，新生兒視網膜病變的篩查；角膜移植手術；眼肌病的診治及手術治療；干眼病篩查、診斷與治療等也是本科的特色。我科醫療服務質量優質可信。

目前，我院眼科是新疆醫科大學，石河子大學醫學院的教學醫院。共有3名碩士研究生導師。榮獲自治區科技進步獎二等獎一項，自治區科技進步三等獎2項。而且還是新疆眼科顯微手術培訓基地。每年舉辦兩期顯微手術培訓學習班。同時還是國際眼科醫師考試定點醫院及自治區防盲治盲辦公室。

我院眼科與北大人民醫院黎曉新教授(中華醫學會眼科分會主任委員)，北京同仁醫院眼科王寧利教授，北京協和醫院眼科趙家良教授、陳有興教授和毛進博士，北京海軍總院樊鄭軍教授，北京武警總院肖利華教授，上海復旦大學附屬眼耳鼻喉?？漆t院孫興懷教授、周行濤教授，天津眼科醫院趙堪興教授，廣州市第一人民醫院金敏教授，深圳市眼科中心姚曉明博士等有著廣泛的合作交流并建立了良好的合作關系。我們雖然身處邊疆，但交流與學習非常便捷。為我科長期可持續發展提供了技術支持。